生态环境保护与修复是两江流域保护管理的核心内容。条例明确两江流域河道采砂实行许可制度，应当按照许可证规定的开采地点、期限、数量等要求进行采砂；政府因吹填固基、整治疏浚河道等需要进行采砂的，应当编制可行性论证报告，报经有管辖权的水行政主管部门同意。为加强农业面源污染防治，条例规定两江流域江河源头应当严格控制除草剂等农药使用，禁止在饮用水水源保护区内使用农药，不得在饮用水水源保护区、河道内丢弃农药、农药包装或者清洗施药器械。在森林生态修复方面，条例规定政府应当优化两江流域江河源头林分树种结构，禁止将生态公益林中的乔木林、灌木林改造或者变相改造成竹林、经济林。

此外，条例还规定，省政府应当统筹协调两江流域保护管理信息化建设，健全完善污染物监测等数据汇聚共享体系；两江流域所在政府应执行协同规划、监测、执法等协同管理机制。